工程中心的科研经费来源包括纵向和横向科研项目基金以及技术转让、技术咨询、原料加工等。科研经费的管理采用项目负责人制，每个科研项目设立课题组，由项目负责人统筹安排项目的实施。同时利用本中心的产业化优势，争取将每个科研项目或技术孵化出一个产品，引入现代企业运作机制，并吸纳风险基金介入。例如，工程中心、暨南大学与广州市美加华商投资顾问有限公司合作成立了广州暨科拓源生物材料科技开发有限公司来进行人工骨产品和人工生物膜产品的产业化开发。其中，工程中心以人工骨专利“聚乳酸／甲壳素类多孔支架材料及其制备方法”评估作价 75 万元出资，占股（公司注册资本500 万元）比例为15%；以人工生物膜专利“生物可降解活性医用组织粘合剂及其制备方法”评估作价 75 万元出资，占股（公司注册资本500 万元）比例为15%；广州市美加华商投资顾问有限公司以现金人民币350 万元出资，占股（公司注册资本500 万元）比例为70%。工程中心以项目与资金为纽带进一步启动金融市场，从市场回收部分资金以及引入风险基金再投入中心的建设，从而使中心步入到一个良性循环的发展轨道中，这也是工程中心的成果转化机制。
