工程中心以企业的模式进行组建，实行现代企业的管理制度，力求保证工程中心的管理严格、规范和高效。
工程中心专门起草了《员工手册》，内含《人事管理制度》、《行政管理制度》、《财务管理制度》、《实验室规范》、《科研管理制度》五章内容。
《人事管理制度》包括人员招聘制度、员工离职制度、劳动合同管理和个人档案管理制度、员工操守、保密制度、考勤考核制度、休请假制度、劳动保护制度、在外任职声明制度、奖惩制度、意见反映申诉制度、员工培训规定、社会劳动保险制度等，均作了明确的说明和规定。
《行政管理制度》包括行政会议管理、办公室秩序管理、文件呈批管理、收发文管理、文件资料管理、公章的使用管理、办公电话使用管理、物品采购和物品财产管理、部门内部管理等作出了明确的规范。
《财务制度》包括帐务管理、出纳现金管理、月报季报汇总制度、请款呈批制度、报销制度都作了明确的规定，确保财务运行的通畅和规范。
《实验室规范》包括实验室试剂管理制度、各类仪器设备使用规范、危险品使用和应急处理规范、防火防盗规定、常用实验方法操作守则等。
《科研管理制度》包括科研项目的申请、科研经费的使用以及科研项目的结题等。
工程中心下设的生物材料研发中心和临床试验中心按照依托单位暨南大学的人事管理办法进行管理。
