工程中心是依托暨南大学开展人工器官及材料研究工程技术创新与系统集成的科研实体，在资源分配上计划单列，是相对独立、与院系平行的二级机构。
工程中心的管理体制模式是实行管理委员会领导下的主任负责制，设立主任1名、副主任2名，内部设置精干高效的机构。工程中心下设有生物材料研发中心（暨南大学化材楼）、生物安全评估中心（暨南大学第二理工楼）、临床试验中心（暨南大学附属第一医院，暨南大学附属第五医院，暨南大学附属口腔医院）和六个产业化示范基地，同时设置管理委员会、技术委员会、行政部等机构。具体管理机构如下：
机构组成及其职责
（1）管理委员会
工程研究中心管理委员会由主管副校长、科技处处长、财务处处长、中心主任、2 名副主任等6 人组成，负责制定中心的发展规划，协调工程中心与依托单位的关系，推荐工程研究中心主任侯选名单，由管理委员会聘任。
（2）技术委员会
技术委员会是工程研究中心的技术咨询机构，对工程研究中心主任负责。负责对项目进行立项咨询、论证和验收，对科技成果转化进行技术经济分析和工程评估，为工程研究中心发展提供建议。技术委员会由国内知名专家组成，技术委员会主任由管理委员会推举，工程研究中心主任聘任。
（3）生物材料研发中心
根据市场和临床要求，开展人工骨材料、人工生物膜材料、人工角膜材料以及人工肺体外循环支持系统的血液相容性材料等研究。
（4）临床试验中心
主要负责各种人工器官及材料的临床前研究、临床研究、人工器官产品审报及开发等研究工作。
（5）示范基地
主要负责人工肺体外循环支持系统、人工骨（骨钉、骨板）、人工生物膜等工程化产品的产业化开发。
（6）行政部
主要职责是负责日常行政、中心管理、人力资源、后勤保障等管理。
